Bibliotecas escritas em Nextflow

rnaseq

Pipeline de análise de sequenciamento de RNA usando STAR, RSEM, HISAT2 ou Salmon com contagens de genes/isoformas e amplo controle de qualidade.
  • 646
  • MIT

patterns

Uma coleção selecionada de padrões de implementação do Nextflow (por nextflow-io).
  • 281
  • MIT

sarek

Pipeline de análise para detectar variantes germinativas ou somáticas (pré-processamento, chamada de variante e anotação) de WGS/sequenciamento direcionado.
  • 256
  • MIT

chipseq

Chamada de pico ChIP-seq, QC e pipeline de análise diferencial.
  • 149
  • MIT

atacseq

Chamada de pico ATAC-seq e pipeline de análise QC.
  • 142
  • MIT

mag

Montagem e categorização de metagenomas.
  • 134
  • MIT

eager

Um pipeline de análise de DNA antigo totalmente reproduzível e de última geração.
  • 96
  • MIT

configs

Arquivos de configuração usados ​​para definir parâmetros específicos para ambientes de computação em diferentes instituições (por nf-core).
  • 71
  • MIT

rnaseq-nf

Uma prova de conceito do pipeline de RNAseq.
  • 53
  • Mozilla Public License 2.0

rare-disease-wf

(WIP) fluxo de trabalho de melhores práticas para doenças raras.
  • 51
  • MIT

hlatyping

Digitação HLA de precisão a partir de dados de sequenciamento de última geração.
  • 45
  • MIT

rnatoy

Uma prova de conceito de pipeline RNA-Seq com Nextflow.
  • 28

GATK

Variante de linha germinal chamando o pipeline Nextflow com base nas melhores práticas do GATK4.
  • 11