Bibliotecas escritas em Nextflow
rnaseq
Pipeline de análise de sequenciamento de RNA usando STAR, RSEM, HISAT2 ou Salmon com contagens de genes/isoformas e amplo controle de qualidade.
- 646
- MIT
sarek
Pipeline de análise para detectar variantes germinativas ou somáticas (pré-processamento, chamada de variante e anotação) de WGS/sequenciamento direcionado.
- 256
- MIT
configs
Arquivos de configuração usados para definir parâmetros específicos para ambientes de computação em diferentes instituições (por nf-core).
- 71
- MIT
GATK
Variante de linha germinal chamando o pipeline Nextflow com base nas melhores práticas do GATK4.
- 11